佐助的消失仿佛没有任何影响，该发生的事情还是照常发生了。
春野樱拜纲手为师，一身力量得到了长足的发展，她也算是完成了自己的梦想，成为了一名强大的女忍者。
鸣人则成为了自来也的弟子，并且他还得到了村子里所有人的认可，因为他在晓组织袭村时，成功的以一己之力击退了敌人，并且感化了晓组织的首领长门，长门最后使用了轮回天生之术，复活了这场战斗中的所有死者。
结局可谓是皆大欢喜，就是不知道雨之国的百姓失去了“神”的守护之后，将会走向何方。若是他们得知自己国家的首领为了复活其他国家的忍者而自我牺牲时，又会作何感想呢？
五代火影纲手身受重伤昏迷不醒，在木叶高层的推选之下，志村团藏成为了代理火影。
不久之后，五影大会召开，五影齐聚铁之国商议如何解决晓组织的问题，可惜在场的众人各怀鬼胎，会议过程无比坎坷。
最终铁之国首领三船提议建立忍者联合军，大家共同出力消灭忍界毒瘤。
然而五影接下来又为了“谁来当联军之首”这个问题而争执不休，三船极力推举志村团藏，却又被雾隐忍者青用移植的白眼揭穿了团藏拥有写轮眼的事实，而且那只写轮眼属于幻术高手宇智波止水。
三船已经在不知不觉间被团藏的写轮眼幻术控制了，就在众人质问团藏之时，空间中突然出现了一道漩涡，带着橘色面具的奇怪男人出现在了五影大会的现场，并向他们提出了月之眼计划。
这种一听就很不靠谱的东西，自然是遭到了众人的一致反对，然而面具□□本无所畏惧，顺便还通知自己即将发动第四次忍界大战。
随后面具男便嚣张离去，这下子五影不得不成立忍者联合军了，战争一触即发！
由于某位无良穿越者带来的蝴蝶效应，很多事情都已经变得面目全非，鼬为了寻找佐助，不得不想方设法治疗自己的绝症，拖着病弱的身躯活了下来；
志村团藏也没有受到追杀而死，他依旧在考虑应该如何成为火影；
大蛇丸还在追求永生和真理，他的最佳助手药师兜也没有丧心病狂的疯狂盗墓，重吾、香燐、水月等人也都老实的呆在蛇窟中；
宇智波带土亲自去捕捉八尾人柱力奇拉比，然而却只抓走了八尾的一根触手。
四战打响后，带土这边并没有铺天盖地的秽土转生军队，只有数之不尽的炮灰白绝，而忍者联合军这边，鼬和志村团藏也算得上是高端战斗力，特别是团藏，他本身就实力不俗，而且还移植了木遁细胞以及整整一手臂的写轮眼。
手臂上的写轮眼被团藏当成了复活币使用，再加上根部忍者从旁协助，志村团藏在这一战中大出风头，只是他的出彩程度依旧比不过漩涡鸣人。
四战从一开始就呈现出了一边倒的局面，宇智波带土手下的白绝军队被打的节节败退，直到夜幕降临，忍者联合军陷入疲惫，伤员逐渐增多时，白绝依靠连查克拉都能伪装的完美变身术，成功骚扰敌后，令忍者们互相防备猜疑。
这种情况直到漩涡鸣人的分|身到来时才得以缓解，完美的九尾人柱力可以感知到白绝的恶意。
忍者联军再次扳回一局，宇智波带土的面具已经被打落，他现在正被卡卡西、迈特凯以及漩涡鸣人三人联手牵制。
敌方首领陷入僵局，忍者们以为很快就能结束这场战斗，然而在黑绝悄悄的用秽土转生将宇智波斑召唤出来之后，局势瞬间发生了惊天逆转。